Kefirin içindeki Probiyotik mikroorganizma sayısını ve çeşitliliğini etkileyen faktörlerin başında, kefirin, maya veya kültürle yapılıyor olması, ışık görmemiş olması, sütün yağının alınmamış olması, sütün kaynatılması aşamasında 63 dereceyi geçmemiş olması, hayvanın antibiyotik kullanmıyor olması gibi olgular gelmektedir.